醫(yī)院系統(tǒng)的潔凈室最先用于手術(shù)室，也就是我們現(xiàn)在所說的醫(yī)院手術(shù)室凈化工程。開始它只是在矯形手術(shù)中獲得廣泛應(yīng)用,因為矯形手術(shù)時間較長,易于引起感染。控制水平較理想的是使用手術(shù)臺附近的空氣潔凈度達到100級。一般建議使用頂部高效空氣過濾系統(tǒng),它能覆蓋至少3m×3m的面積,從而將手術(shù)臺和人包括在內(nèi)。

醫(yī)療潔凈室獲得應(yīng)用的其它領(lǐng)域有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。最新進展之一是牙外科手術(shù)潔凈室的應(yīng)用,它降低了在長期手術(shù)過程中醫(yī)務(wù)人員被感染的危險

 潔凈室作為醫(yī)院重要的功能分區(qū)之一，其工程質(zhì)量直接影響到醫(yī)院的使用和對患者的治療。要提高醫(yī)院潔凈室的工程質(zhì)量，必須從設(shè)計、施工和維護三方面同時重視。

醫(yī)院應(yīng)用潔凈環(huán)境最廣泛的潔凈手術(shù)室，是用空氣潔凈技術(shù)取代傳統(tǒng)的紫外線等手段對全過程實行污染控制的現(xiàn)代手術(shù)室。在潔凈手術(shù)室內(nèi)，患者感染率可降低 10 倍以上，從而可以少用或不用會傷害患者免疫系統(tǒng)的抗生素。既要無塵又要無菌是潔凈手術(shù)室的特點。 

醫(yī)院潔凈室包括手術(shù)室、產(chǎn)科、嬰幼兒病房(NICU)、ICU(重癥監(jiān)護室)、燒傷病房及解剖室、凈化實驗室、人工透析室、標(biāo)本室等，其工程質(zhì)量與醫(yī)療質(zhì)量有著直接而重要的關(guān)系。